當然，"科學易"的研究有一個理論和方法的導向問題。首先，在理論原則上，應當承認《易》之為書的原始形態，雖是人類智慧創造的一株奇葩，但畢竟是古老中華文化發蒙時期的產物。它本身必然是在科學思維的萌芽中充斥著宗教巫術的迷信，即使經過晚周時期《易傳》作者們的哲學加工，改變著其中科學思維、人文意識與神物迷信的比重成份，但仍然是原始科學與神物迷信的某種結合。因而，"科學易"作為現代形態的知識體系，必須將這種固有的科學與迷信的結合加以剝離，必須將傳統易學中某些固有的神秘性(各種拜物教意識、神物迷信等等)加以揚棄。這是十分繁難的任務。因為歷史地把握科學與迷信二者的區別和聯系，了解二者既互相對立、排斥，又互相寄生、轉化的機制，以及二者能夠共生或實現轉化的思想文化條件和社會經濟根源，並非易事;且在實驗科學所憑依的工具理性範圍內得不到解決。其次，在文化心態上，應當看到鴉片戰爭以來的民族苦難和中西古今文化的激烈衝突，在人們思想上曾造成各種困惑和畸變心理。諸如，面對西方科技新成就，希望"古己有之"的"西學中源"說，幻想"移花接木"的"中體西用"說，都是曾經流行過的思想範式，並在中國文化走向近代化的歷程中一再把人們引向歧途。顯然，"科學易"的研究，應當避免再陷入這樣的思想範式及其種種變形，應當跳出中西文化觀中的"西方中心"、"華夏優越"、或"浮淺認同"、或"籠統立異"、或"拉雜比附"等等誤區，而在傳統易學與現代科學之間發現真正的歷史接合點，從中國"科學易"三百年來具體的歷史發展中去總結經驗教訓，提煉研究方法，開拓未來的前景。這一未來前景的一個重要方面，就是"科學易"與"人文易"必須相輔而行，成為易學研究中互補的兩個主流學派。