人們一直看到的、印象最深的“太極圖”，就是兩條黑白的“陰陽魚”。白魚表示為陽，黑魚表示為陰。白魚中間一黑眼睛，黑魚之中一白眼睛，表示陽中有陰，陰中有陽之理。

一般所謂“陰陽魚的太極圖”，最先見於明初趙撝謙的《六書本義》，稱作“天地自然河圖”。其後，章潢收入《圖書編》，並更名為“古太極圖”。至清初高雪君編篡《易經來註圖解》時，把進一步演變而來的《心易發微伏羲太極之圖》輯入卷末“周易采圖”。

對於 “陰陽魚的太極圖”的來源，清代張惠言於《易圖條辨》中說得很清楚。他說：“為此圖者，蓋由朱子發《納甲之圖》，用周元公《太極（圖）》之法，圓而入之。”

關於太極圖之含義，一種認為：太極是指宇宙最初渾然一體的元氣。再一種是“虛無本體為太極。”認為“一”為太極，此“一”不是數，而是“無”。還有一種，認為陰陽混合未分為太極，“天地陰陽，古今萬物，始終生死之理，太極圖盡之。”

耿奎認為：“易”為日月，“易”為陰陽，“太極圖”就是一個“易”的——日月、陰陽的代表符號。陰陽是由日月代表的。“太極圖”就是在無極圖的基礎上，溶以日月、陰陽，用符號代“易”演化而來的。“無極圖”是道教修煉長生之術，刻在石壁上的一個圈。“無極”之圈，就是練功者為更快的入靜，而直視靜思的一個標記。

在“無極”圈裏，加進了“易”，——也就是畫進了代表“易”的——“日、月”二字，即為太極。古代的“日月”二字，與現代字稍有區別，古文日字為O裏裝進一個圓點，月字也是一個象形為中間加一個豎點，日月裝進一個(無極)中。由古文月字一分，正好形成一個“S”形。

圓(無極)裏的“日月”一邊一半，日月中間又各有一點，以黑白一分，就變成了看上去似如兩條“魚”形了。其含義是，“易”為日月；“易”為陰陽。“易”之圖變——由“無極”而“太極”——是由一個無極圓圈內裝有了古文“日、月”二字，即成了代表“易”之陰陽機理的太極圖案。