杜錫珪生於一個貧窮的家庭，因哥哥是海軍軍人，所以杜錫珪也向往加入海軍。光緒二十八年（1902年），杜錫珪畢業於南京江南水師學堂第二期駕駛班，隨後派赴英國見習，回國後在海軍中任職，歷任“漢圻”快艇駕駛、三副、二副、大副和槍炮大副，“辰字”魚雷艇哨官，代理“建安”兵船管帶、海軍警衛隊管帶、“江貞”艦艦長等職。

光緒三十年（1904年），杜錫珪任當時中國最大級別的戰艦“海天”號的大副。後來該艦在駛向江陰途中，管帶劉冠雄不顧杜錫珪的勸阻，在暴風雨中繼續猛進，結果“海天”艦觸礁沈沒。杜錫珪自己則順利升職，宣統三年（1911年）7月，杜錫珪被任命為戰艦“江貞”號管帶。

1911年10月，武昌起義爆發，杜錫珪奉袁世凱之命乘“江貞”號駛向漢口，後來清軍攻打漢陽之際，杜錫珪見到清軍的暴虐行為，遂決定離棄清朝。他和同僚湯薌銘合作，開始為革命派行動。首先，他們推動海軍統制薩鎮冰自動下野。不久，海軍在九江宣布起義。此後，杜錫珪被革命派任命為巡洋艦“海容”號的管帶。

此後，杜錫珪返回漢口同清軍作戰，在最前線廝殺。民國元年（1912年）1月，杜錫珪作為北伐艦隊司令湯薌銘的手下，支援中國沿海各地的革命派。他組建海陸軍聯合會，參加援皖、援鄂行動，幫助光復武漢三鎮。袁世凱就任中華民國臨時大總統後，他和北京政府合流。同年12月，杜錫珪升海軍上校，任閩江要塞司令兼代理福建防軍司令。此後，先後任“海籌”、“海容”、“肇和”等艦艦長。袁世凱死後，杜錫珪復歸北京政府。

民國十四年（1925年）12月， 杜錫珪東山再起，重任海軍總長。1926年6月，在奉系的壓力下，第三次顏惠慶內閣倒臺，杜錫珪以海軍總長代理國務總理，成立杜錫珪臨時內閣，同時攝行大總統職權。然而，杜錫珪沒有自己獨立的政治權力，受到奉系制肘，同年10月，杜錫珪辭去國務總理職務。

民國十五年（1926 年）7月，廣東革命政府發動北伐，取得很大進展，杜錫珪感到北洋軍閥大勢已去，因此積極促成海軍加入國民革命軍，給予第一艦隊、第二艦隊行動自由。 民國十六年（1927年）3月，海軍正式宣告加入國民革命軍。

同年6月，張作霖就任海陸軍大元帥，北京政府將海軍部、陸軍部合並為軍事部，擔任海軍總長的杜錫珪因此去職，成為北京政府最後一任海軍總長。杜錫珪本人對參與政治缺乏熱情，又加上和馮玉祥的交往受到蔣介石猜疑，此後他遂和政界幾乎無關。

杜錫珪是民國有名的算命大師。

他任馬尾海軍學校校長期間，還留下一段看手相分專業的笑話。當時，馬尾海校規定，已被錄取的新生要經校長測試後劃分專業。這是一件棘手的事，因為大家都認為學航海專業（清末稱駕駛班）將來能當官，所以趨之若鶩；而輪機專業（清末稱管輪班）卻少有問津。如何公平合理的分配專業，的確需要動一番腦筋。

杜錫珪任校長時，卻有他獨特、快捷的’‘測試”方法。他讓每位新生伸出左手，由他來看相。他認為是將軍材料的．就分到航海專業，否則就分到輪機專業。這樣，每次近百名學生，他只需一個上午就能輕松“測試”完畢。